مصرف قلیان آشکارا نشان داده است که تاثیرات مضری بر دو عضو حیاتی بدن به نام ریهها و قلب دارد. سرطان ریه، سرطان مری، بیماری انسدادی ریوی مزمن، آمفیزم، پایین بودن وزن هنگام تولد نوزاد، افزایش حملات آسم و ذاتالریه برخی از خطرات مربوط به کشیدن قلیان هستند.
دود قلیان کمتر از دود سیگار مضر نیست.این مساله را متفق القول همه پزشکان و متخصصین ریه تایید میکنند و بر باور غلط افکار عمومی مبنی بر بی ضرر بودن قلیان خط بطلان میکشند.قلیان با وجود اینکه کمتر مصرف میشود، اما حجم دودی که از طریق آن وارد بدن می شود، 10 تا 20 برابر دود ناشی از مصرف سیگار است.تحقیقات همچنین نشان داده است که پس از 45 دقیقه استفاده از دود قلیان، مونوکسید کربن، نیکوتین پلاسما و ضربان قلب به شدت بالا میرود.